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Dec 15, 2023

A glia cortical em camundongos SOD1 (G93A) é sutilmente afetada pela ELA

Scientific Reports volume 13, Número do artigo: 6538 (2023) Citar este artigo

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O papel da glia na esclerose lateral amiotrófica (ELA) é inegável. Sua atividade relacionada à doença foi extensivamente estudada na medula espinhal, mas apenas parcialmente no cérebro. Apresentamos aqui um estudo abrangente da glia no córtex de camundongos SOD1 (G93A) - um modelo amplamente utilizado de ALS. Utilizando sequenciamento de RNA unicelular (scRNA-seq) e imuno-histoquímica, inspecionamos astrócitos, micróglia e oligodendrócitos, em quatro estágios da doença, respeitando o fator sexo. Relatamos alterações mínimas da glia ao longo da progressão da doença e independentemente do sexo. As análises de pseudovolume e de células únicas revelaram alterações transcricionais sutis relacionadas à doença no estágio final na micróglia e nos oligodendrócitos, que foram corroboradas pela imuno-histoquímica. Portanto, nossos dados suportam a hipótese de que o córtex do camundongo SOD1(G93A) não recapitula a doença nos pacientes, e recomendamos o uso de um modelo diferente para estudos futuros da patologia cortical da ELA.

A degeneração característica dos neurônios motores (MNs) na ELA inicialmente causa atrofia muscular progressiva, levando a dificuldades de movimento, fala e deglutição e insuficiência respiratória no estágio final. Geralmente, a ELA é considerada uma doença multifatorial com mecanismos patológicos pouco compreendidos e com sobrevida média de três a cinco anos. Atualmente não há cura ou prevenção disponível, apenas tratamento sintomático.

Embora os MNs sejam reconhecidos como o principal tipo de célula afetada pela patologia, vários estudos confirmaram que também as células não neuronais, incluindo a glia, sofrem alterações e participam da progressão da ELA1,2. As células gliais respondem à neurodegeneração ou lesão por vários mecanismos. A micróglia e os astrócitos adquirem o chamado estado reativo marcado por mudanças na expressão gênica e na morfologia. Pela ativação de vias inflamatórias e anti-inflamatórias, eles protegem o tecido de danos adicionais. No entanto, na fase crônica das doenças, eles têm um efeito prejudicial e contribuem para a progressão da neurodegeneração. Tradicionalmente, os astrócitos reativos e a micróglia eram divididos em subtipos A1 e A2 ou M1 e M2, respectivamente. No entanto, essa terminologia é atualmente considerada desatualizada, pois várias subpopulações de células gliais com assinaturas de genes específicos foram recentemente descritas em diferentes modelos de doenças3,4,5. Astrócitos associados à doença (DAA), micróglia associada à doença (DAM), micróglia de resposta ativada (ARM) e micróglia de resposta ao interferon (IRM) são apenas alguns exemplos. Os oligodendrócitos, por outro lado, são mais suscetíveis a alterações patológicas. Em reação à doença, eles tendem a degenerar, em vez de se transformar em um estado reativo. No entanto, seu papel passivo na progressão da doença foi recentemente questionado por estudos que descrevem sua contribuição para a imunoproteção, sinalização do interferon e processamento e apresentação de antígenos6,7.

O papel dos astrócitos, microglia e oligodendrócitos, e suas respectivas alterações relacionadas à patologia, foram relatados em pacientes com ELA várias vezes8,9,10. A maioria dos dados disponíveis vem da medula espinhal, mas alguns estudos também relataram patologia glial no córtex11. As alterações patológicas conhecidas foram identificadas principalmente em tecido post mortem, o que não permite o estudo dos mecanismos da doença, aumentando a necessidade de um modelo animal confiável. Atualmente, o camundongo SOD1(G93A) representa o modelo mais amplamente utilizado semelhante a ALS12 familiar. Fenotipicamente, o modelo corresponde ao curso da doença, e estudos na medula espinhal e no tronco cerebral relataram alterações celulares relacionadas à ELA encontradas anteriormente em pacientes2,8,13,14,15,16. O córtex, no entanto, parece ser objeto de controvérsia. O número de estudos é limitado e os resultados sugerem desfechos contraditórios. Enquanto alguns mostram que células gliais corticais e MNs são afetados pelo fenótipo semelhante a ALS17,18,19,20, outros relatam nenhum efeito na área cortical no modelo SOD1(G93A)21.

 0; female: counts of Xist > 0, nFeature_Y < 2, nCount_Y < 2; nFeature_Y being a number of Y-encoded genes and nCount_Y being a number of transcripts mapping to Y chromosome) were excluded from the dataset (Supp. Fig. 1a). These cells classified as ‘Undefined’ comprised almost 1/3 of the total number of cells and represented low quality cells (Supp. Fig. 1b)./p> 1000, 2000 < nCount_RNA < 10,000, percent.mt < 8; microglia—nFeature_RNA > 700, 1000 < nCount_RNA < 10,000, percent.mt < 5; oligodendrocytes—nFeature_RNA > 1300, 2500 < nCount_RNA < 50,000, percent.mt < 5 (Supp. Fig. 1d). Tissue dissociation may induce the expression of IEGs, the first rapid cellular response to stimuli24,30. A set of the IEGs (e. g. Fos and Jun transcription factors) was projected onto the UMAP using AddModuleScore function to investigate the level of induction of these genes by sample preparation (Supp. Fig. 1c). The SoupX R package (version 1.5.2)31 was applied to remove the contaminating RNA background. The unfiltered and annotated data were supplied as the input. The contamination fraction was estimated by the automated method and was in the range from 1 to 2 % for individual samples. The count values were subsequently corrected for the contamination./p> 1 or < − 1 were considered differentially expressed. Males and females were compared at each time point for each cell type and condition. Control (CTRL) and SOD1 pairs were also tested at each time point and for each cell type (end-stage DEGs in Supp. Tab. 1). The Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)32 was performed using clusterProfiler R package (version 4.0.5)33,34. Reference gene set size was limited to 10–800 genes and the significance threshold was set to padj = 0.05. Only results where more than one gene contributed to the enrichment (core enrichment) were considered relevant./p> 0.25, Supp. Tab. 3). The identity of the subclusters was determined by comparison with available gene signatures of various previously described cellular subtypes using the AddModuleScore function and by manual annotation based on the calculated marker genes. Reference gene expression signatures were taken from Habib et al.5 (Gfap-Low and Gfap-High astrocytes), Sala Frigerio et al.4 (ARM, IRM) and Marques et al.35 (MFOL1/2, MOL2, MOL5/6). The intermediate state of astrocytes was visualized using a gene set containing calculated markers of cluster 2 and markers of transition state published by Habib et al.5. The signature of homeostatic microglia resulted from the combination of homeostatic markers mentioned in Keren-Shaul et al.3, Mathys et al.36 and Butovsky and Weiner37. The top 30 genes were used for the projection in astrocytes, and 20 genes were used in the microglia and oligodendrocytes. Numbers of cells entering differential expression analysis (DEA) and subpopulation analysis are provided in Supp. Tab. 4./p> 1 and padj < 0.05. The X chromosome gene Xist was significantly upregulated in the females in all three cell types, regardless of genotype. The Xist gene plays a major role in the gene dosage compensation in females by silencing one of the X chromosomes, and is therefore expressed only in female cells40. Two genes encoded by chromosome Y (Eif2s3y, Uty) were upregulated in males, but the difference in their expression only exceeded the log2FC threshold in astrocytes (Fig. 3b). Apart from these, no other dysregulated genes related to the pathology progression and sex were found in our data./p> 1, padj < 0.05), confirming the validity of the SOD1(G93A) model. Other dysregulated genes were mostly noncoding or ribosomal transcripts that evaded quality control. Additionally, the 4 M CTRL samples were marked by an increased expression of genes Cdk8 and Cmss1 across all cell types. These two genes were identified in the subsequent analysis as confounders negatively effecting sub-clustering results (Supp. Fig. 2a, b). Therefore, they were considered as biasing factors without connection to the ALS-like pathology. Together, these results show minimal variation in gene expression related to the pathology progression in the cortex of the SOD1(G93A) mouse, regardless of sex, with the indication of subtle changes in microglia and oligodendrocytes in the late phase of the disease./p>
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